(1) בחירת ציוד. ישנן מספר בעיות בבחירת ציוד פרמצבטי, כגון בחירה על סמך ניסיון (ללא חישוב בפועל, או חישוב נתונים לא מספק), חתירה עיוורת לקידום, וחקירה לא מספקת של נתונים פיזיקליים, אשר משפיעות קשות על המעשיות והחסכוניות של הציוד.

(2) התקנת ציוד והדרכה. בתהליך התקנת ציוד תרופות, לעתים קרובות מוקדשת תשומת לב להתקדמות הבנייה תוך התעלמות מאיכות הבנייה, מה שמוביל לעלייה בעלויות תחזוקת הציוד בתקופה מאוחרת יותר. בנוסף, הכשרה לא מספקת לצוותי תחזוקת ותפעול הציוד מהווה סיכונים לניהול ותחזוקת הציוד התרופות.

(3) השקעה לא מספקת בניהול ותחזוקה של מידע. כיום, למרות שארגונים רבים מייחסים חשיבות רבה לניהול ותחזוקת ציוד, כמו גם ניהול רישומי תחזוקת ציוד ורישום של הפרמטרים הבסיסיים, עדיין קיימות בעיות, כגון קושי באספקת נתוני תחזוקה שוטפת, היעדר מידע יעיל על מפרטי ציוד פרמצבטי, כגון מפרטים, שרטוטים וכו', מה שהגביר את הקושי בניהול, תחזוקת ושיפוץ הציוד.

(4) מערכת ניהול. היעדר מערכת ושיטות ניהול יעילות, וכתוצאה מכך ניהול צוות תחזוקת הציוד הפרמצבטי אינו מספק, חוסר סטנדרטיזציה של עבודת צוות התחזוקה, ותהליך ניהול ותחזוקת הציוד הפרמצבטי משאיר סכנות בטיחות נסתרות.